转录组：广义上指细胞内所有转录产物的集合，即所有RNA的集合，包括mRNA和非编码RNA。狭义上指所有mRNA的集合。转录组测序（RNA-seq，RNA sequencing）指针对某一特定时期、特定条件下转录的所有mRNA进行高通量测序。应用转录组测序能够研究转录组水平RNA表达量的变化，以及可变剪切、融合基因等结构变异信息，转录组是研究细胞表型和功能的一个重要手段。

1、研究对象：人、大鼠、小鼠、真菌等

2、参考基因组要求：有参考基因组，无参考基因也可以拼接

3、mRNA结构特点：3端具有ploy A尾

4、mRNA富集方式：oligo dT磁珠富集ployA，或者去rRNA

5、建库方式：普通转录组文库，或者链特异性文库

6、数据量：6G或者12G，PE150测序

7、测序平台：illumina nova-6000

一、临床研究方向

1、癌/癌旁

2、不同肿瘤分型

3、疾病早期/晚期

4、疾病/正常对照散发样本

二、基础研究方向

1、构建细胞/动物模型

2、试剂/小分子等处理

3、突变/野生型

4、基因过表达或者干扰/敲除

研究目的：利用转录组测序解析药物诱导前后软骨纤维化改变的内在机制

样本信息：纤维软骨

测序策略：RNAseq

结论：微管稳定剂——多西紫杉醇可以抑制软骨纤维化，增加透明软骨细胞外基质。通过设计靶向纤维软骨的负电荷热敏水凝胶，持续传递多西他赛，可体内促进软骨缺损模型中的纤维软骨透明化。根据转录组学的结果发现Sparc与软骨纤维化以及微管稳定过程密切相关，表明原位纤维软骨透明化是一种有前途的软骨修复策略。

分析流程图

差异基因聚类

GO功能富集分析

有向无环图(Directed Acyclic Graph，DAG)为差异基因GO富集分析结果的图形化展示方式。图中，分支代表包含关系，从上至下所定义的功能范围越来越小，选取每个差异比较组合的GO富集结果最显著性前5位的GO Term作为有向无环图的主节点，并通过包含关系，将相关联的GO Term一起展示，颜色的深浅代表富集程度。我们的项目中分别绘制生物过程、分子功能和细胞组分的DAG图。

KEGG通路富集分析

从KEGG富集结果中，选取最显著的20个KEGG通路绘制散点图进行展示，若不足20个，则绘制所有通路，如下图所示。图中横坐标为注释到KEGG通路上的差异基因数与差异基因总数的比值，纵坐标为KEGG通路，点的大小代表注释到KEGG通路上的基因数，颜色从红到紫代表富集的显著性大小。

模块基因聚类热图

模块基因聚类热图采用R包的H-clust功能进行层次聚类，绘制层次聚类树状图，每一树状图代表一个模块，每一个分支代表一个基因，每个点的颜色越深（ 白→黄→红）代表行和列对应的两个基因间的连通性越强。结果如下图所示。

送样量

不同组织RNA丰度

1、动物组织样本离体后立即液氮冻存，然后-80℃保存，尽快寄送，如需长期保存则需选择液氮冻存；

2、避免反复冻融，组织发生反复冻融后提取成功率在5%以下；

3、保存液需完全浸透样本，保存液量不足会造成RNA降解；

4、选择螺纹冻存管降低污染风险，不得已使用离心管时，需用封口膜封死，避免撒漏；

5、保证干冰用量且覆盖充分，防止运输过程中发生样本冻融，保证样本四周被干冰完全覆盖。